Discussion

A présent, voici la discussion qui pourra vous aider à mieux appréhender certains points de notre projet.

Statistiques :

En observant le nombre fragments supprimés ou multipliés pour chaque tumeur, il est déjà possible d'observer si ces valeurs sont proportionnelles à l'avancée de la maladie.
En effet, le stade de la maladie est indiqué dans le nom de la tumeur et on peut donc comparer l'évolution du nombre de 1 et de -1 en fonction du stade (mais aussi du grade et du statut de chaque BAC). Quand une seule altération est responsable d'une tumeur, on met en évidence l'importance du fragment altéré et dans ce cas aussi il est interessant de comparer ces résultats avec le stade de la tumeur. Il en va de même quand une position est plus souvent altérée que les autres.

Nettoyage et Fiabilité :

Les 9 sont les fragments pour lequels on n'a pas de données.
On part du principe qu'un 9 dans une plage de suppression peut être considéré comme un fragment supprimé et qu'un 9 dans une plage de multiplication peut être considéré comme un fragment multiplié.
Un 9 entre deux fragments sains ne peut pas être considéré comme un fragment sain. Le problème c'est que dans certains fichiers, les 9 dans ces zones saines sont assez nombreux et créent donc un bruit de fond même après avoir nettoyé les données.
On peut donc se demander si ce bruit de fond ne fausse pas les autres analyses qui sont faites à partir de ces fichiers.

Quasi-implication et Graphe :

On part du principe qu'un fragment supprimé ne pourra jamais réapparaître, qu'un fragment multiplié ne pourra jamais se retrouver dans un état normal et qu'un fragment multiplié ne peut pas être entièrement supprimé.
Or, dans certains cas, une tumeur qui en implique une autre ne l'implique pas à 100 pourcents. Les hypothèses de départ ne sont donc pas systématiquement respectées.
D'un point de vu biologique, ces événements sont extrêment rares. En effet, la probabilité qu'un fragment disparaisse et réapparaisse à l'identique est très faible (comme celle qu'un fragment soit multiplié et que ce soit justement à cette position qu'il y a un retour à l'état normal). Mais il est encore plus rare qu'un fragment soit multiplié et qu'en suite chaque copie soient supprimées.

En observant le graphe, on peut voir l'évolution de la maladie, de la tumeur qui représente le stade le moins avancé de la maladie à celle qui représente le stade le plus avancé de la maladie.
Ces résultats peuvent compléter l'étude de la corrélation entre le stade de la maladie et l'évolution du nombre de fragments supprimés et multipliés pour chaque tumeur (en les associant avec les résultats de la fonction "Statistiques").

Chromosomes:

Si l'on possède l'ensemble du génome mais que l'on a du mal à retrouver les débuts et la fin des chromosomes, c'est certainement par rapport aux téloméres.
En effet, ce sont des régions difficiles à étudier et à séquencer, de part leur structure (extrémité 3' sortante ect).

Autre:

On se demande si la suppression d'un seul fragment sur une cellule saine peut conduire à un cancer foudroyant et, si tel est le cas, si on peut être sûr que ce fragment contient des gènes impliqués dans la multiplication cellulaire ou dans l'apoptose. Bien entendu, cette solution serait la plus simple et elle est envisageable. Toutefois, d'autres hypothèses peuvent être émises:
- le fragment supprimé contenait le site de fixation du facteur de transcription d'un gène impliqué dans la multiplication cellulaire ou l'apoptose. Ainsi, en l'absence de ce site, bien que le gène soit encore présent, il ne sera pas fonctionnel.
- le fragment supprimé contenait un gène codant un facteur de transcription ou un coactivateur de la transcription d'un gène impliqué dans la multiplication cellulaire ou l'apoptose. Comme précedemment, bien que le gène soit encore présent, il ne sera pas activé.